水腦症發生的原因是因著腦部發生一些事情弄亂整個原來有秩序的環境．病患的預後和該疾病有關而不是和水腦症本身有關這是一個很重要事實.
發生的原因．在很多病患找不到清楚原因，下列是會引起水腦症的一些的疾病例如；腦出血，感染，外傷，腫瘤，腦血管的疾病，和腦本身結構的問題．有些水腦症發生於懷孕期間而有些在出生之後才發生．少數水腦症有遺傳可能．假如發生水腦症而不處理．腦脊髓液就會堆積在腦部，如此可能會引起腦部的傷害甚至死亡.
1.腦脊髓液產生太多
2.腦脊髓液吸收回收太少
3.腦脊髓液流動受阻